Ce web service détecte, dans un texte en anglais, les entités nommées en chimie.

Les entités nommées sont toutes renvoyées dans un champ “chemical”.

Le modèle utilisé par ce web service, “bio-ner”, est disponible à ce lien huggingface.
Aucun fine-tuning n’a été opéré : nous mettons simplement le modèle à disposition via un web service.

Le code git pour fine-tuner le modèle est disponible à ce lien.

Le modèle possède une f-mesure de 0.92 ± 0.02.

Précaution : Le web service fonctionne uniquement sur du texte anglais.

Le corpus BC4CHEMD (BioCreative IV Chemical and Drug) ayant servi à l’entraînement de ce modèle est disponible à l’adresse suivante :

https://www.ortolang.fr/market/corpora/dataset-chemical-extract

• Article explicitant la méthodologie pour obtenir le modèle bio-ner : Alonso Casero, Álvaro (2021). Named entity recognition and normalization in biomedical literature: a practical case in SARS-CoV-2 literature. Thesis (Master thesis), E.T.S. de Ingenieros Informáticos (UPM)
• Le modèle bio-ner est obtenu après fine-tuning du modèle bioBERT : Data and text mining. BioBERT: a pre-trained biomedical language representation model for biomedical text mining

Extraction d'entités géographiques

Extraction d'entités nommées de maladies

Extraction de financeurs dans un article

Extraction d'entités nommées en chimie

Extraction d'entités nommées (Personnes, Localisations, Organismes et autres)

Utilisation dans TDM Factory

Ce web service se lance sur :

• un corpus Istex en anglais au format targz
• un document en anglais au format PDF texte (le format PDF image ne fonctionne pas)

Utilisation dans Lodex

Sélectionnez le web service dans le catalogue :

Enrichissement : le web service traite chaque document l’un après l’autre. Exemple pour l’extraction de termes à partir du résumé. On parlera de web service synchrone.

Saisir cette URL https://chem-ner.services.istex.fr/v1/chem/tagger et sélectionner la colonne dédiée au texte en anglais.
Sauvegarder et lancer le traitement
Pour récupérer la valeur souhaitée : GET et le nom du champ dont vous voulez extraire la donnée : chemical

Single atoms of elements are not molecules. A single oxygen, O, is not a molecule. When oxygen bonds to itself (e.g., O3) or to another element (e.g., carbon dioxide or CO2), molecules are formed==>chemical: oxygen, O, O3, carbon dioxide, CO2

This is three chemical named entities: methanol, 2-propanol, or CO2.	==>	chemical: methanol, 2-propanol, CO2